La congrégation du Saint-Esprit avait acquis les terrains en 1731, mais la construction de la chapelle commença en 1769 avec l'architecte Nicolas Le Camus de Mézières. Les travaux furent interrompus et reprirent en 1775 avec l'architecte Jean-François Chalgrin. La façade de la chapelle avec le bâtiment sur rue Lhomond est ornée d’un bas-relief de François Duret. L’intérieur de la chapelle a été peint et décoré en 1876- 1878. Le séminaire fut fermé en 1792. Ses bâtiments furent vendus en 1796 et furent dévolus pour une fabrique de papier puis ,en 1813, par l’école normale supérieure. La communauté revient en 1822 dans ses anciens locaux qui sont devenus la maison mère de la congrégation du Saint-Esprit, fondé par le Père François Libermann (1802-1852) De style classique, la chapelle comporte un riche décor intérieur peint. La chapelle est séparée en deux par une tribune qui marquait autrefois la séparation entre les religieux et les laïcs. On accède à la tribune d’orgue en passant par la chambre et le bureau du fondateur, le Père Libermann, qui jouxte directement la tribune.